Papers in the Biological Sciences
Document Type
Article
Date of this Version
2011
Citation
The Condor, Vol. 113, Number 3, pages 483–489. ISSN 0010-5422, electronic ISSN 1938-5422. DOI: 10.1525/cond.2011.100201
Abstract
Studies of gene expression and transcriptome profiling often require the isolation of high-quality mRNA. Here, we examined how preservation method and the lag between collection and processing (postmortem interval; PMI) affect RNA quality and yield in field-collected samples. We subjected tissue samples of 11 House Sparrows (Passer domesticus) to two preservation treatments (flash freezing in liquid nitrogen versus treatment with Ambion’s RNAlater prior to freezing) and eight PMI treatments (intervals ranging from 0 to 360 min). Mean RNA yields were significantly higher for flash-frozen tissues. Total RNA yield, as measured by a UV-vis spectrophotometer (Nanodrop), was not negatively associated with PMI in either preservation treatment, and we were able to extract RNA of quality (28S:18S fluorescence ratio >0.9) sufficient for most gene-expression applications from specimens that were held at ambient temperature for up to 6 hr postmortem. These results demonstrate that sufficient quantities of high-quality RNA can be extracted from avian tissues collected under typical field conditions. Although RNA remains stable for several hours postmortem, other studies have demonstrated that the transcriptional profile changes as a function of PMI. To increase the value of tissue samples for RNA studies we recommend that collectors include with a specimen detailed notes on the duration of the PMI as well as other extrinsic (e.g., time of day, temperature) and intrinsic (e.g., age of bird, sex) factors that influence levels of gene expression.
Con frecuencia, los estudios de expresión génica y transcriptómica requieren el aislamiento de ARNm de alta calidad. Examinamos cómo la calidad y cantidad del ARN obtenido a partir de muestras recolectadas en el campo se ven afectadas por el método de preservación y el intervalo entre la muerte y el procesamiento. Preservamos muestras de tejido de 11 individuos de la especie Passer domesticus mediante dos tratamientos (congelamiento rápido en nitrógeno líquido versus tratamiento con RNAlater de Ambion antes de congelar) y ocho intervalos post-mortem en un rango de 0 a 360 minutos. La cantidad promedio de ARN obtenida fue significativamente mayor a partir de los tejidos congelados rápidamente. El ARN total, medido empleando un espectrofotómetro UV–visual (Nanodrop), no se relacionó negativamente con el intervalo post-mortem en ninguno de los tratamientos de preservación y fuimos capaces de extraer ARN de calidad suficiente (cociente de fluorescencia 28S:18S > 0.9) para la mayoría de las aplicaciones de expresión génica a partir de especímenes que fueron mantenidos a temperatura ambiente por hasta 6 horas después de su muerte. Estos resultados demuestran que es posible extraer cantidades suficientes de ARN de alta calidad a partir de tejidos de aves obtenidos bajo condiciones de campo típicas. Aunque el ARN permanece estable por varias horas post-mortem, otros estudios han demostrado que el perfil transcripcional cambia como función del intervalo post-mortem. Para incrementar el valor de las muestras de tejido para los estudios de ARN, recomendamos que los colectores incluyan con el espécimen notas detalladas sobre la duración del intervalo transcurrido entre la muerte y la preservación de los tejidos, así como otros factores extrínsecos (e.g., hora del día, temperatura) e intrínsecos (e.g., edad y sexo del ave) que afectan los niveles de expresión génica.
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