Papers in the Biological Sciences
Date of this Version
2006
Document Type
Article
Citation
Published in Genome 49 (2006), pp 894–899.
doi:10.1139/G06-046
Abstract
A method for determining mRNA half-lives in the polymorphic fungus Candida albicans is described. It employs growth in a defined medium, the inhibition of transcription with thiolutin (10–20 μg/mL), and quantitative Northern blotting. The method is effective for the A72, SC5314, and CAI-4 strains of C. albicans, and for mRNAs that have a wide variety of decay rates and steady-state abundances. The range of half-lives detected (from 4–168 min) shows that this method is effective for mRNAs with widely varying half-lives. The mRNA decay rates obtained are compared with those for orthologous mRNAs from Saccharomyces cerevisiae. This procedure should work for a broad range of C. albicans strains and can be adapted to other fungal species.
Une méthode pour déterminer les demi-vies d'ARNm dans le champignon polymorphe Candida albicans est décrite. Il utilise la croissance dans un milieu défini, l'inhibition de la transcription avec la thiolutine (10–20 μg / mL) et le Northern blot quantitatif. La méthode est efficace pour les souches A72, SC5314 et CAI-4 de C. albicans, et pour les ARNm qui ont une grande variété de taux de désintégration et d'abondances à l'état d'équilibre. La gamme de demi-vies détectées (de 4 à 168 min) montre que cette méthode est efficace pour les ARNm avec des demi-vies très variables. Les taux de désintégration des ARNm obtenus sont comparés à ceux des ARNm orthologues de Saccharomyces cerevisiae. Cette procédure devrait fonctionner pour une large gamme de souches de C. albicans et peut être adaptée à d'autres espèces fongiques.
Included in
Environmental Microbiology and Microbial Ecology Commons, Other Life Sciences Commons, Pathogenic Microbiology Commons
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